Con 18 años se fue a vivir a Barcelona para estudiar lo que a ella le gustaba, Ciencia Ambientales. Allí comenzó a entrenar en el Centro de Alto Rendimiento de Barcelona y comenzó a mejorar sus marcas. Su responsable en barcelona fue el entrenador de pértiga Hans Ruf.

En esa época Naroa Agirre rompió la barrera psicológica de los 4 metros estableciéndose ya entre las 4 mejores especialistas de España de salto de pértiga.

Volvió a San Sebastián en el 2001 con una mejor marca de 4,10 metros en salto de pértiga. En ese momento comenzó a entrenar con su entonces novio y actual marido, Jon Karla Lizeaga. Con quien sigue entrenado en la actualidad junto con el médico Ricardo Jiménez y Jose Luis Parro como entrenador de pesas.

En la temporada 2002, con 23 años, totalmente volcada en la pértiga y con su nuevo entrenador, Naroa Agirre consiguió saltar 4,40 metros y por primera vez se proclamaba campeona de España al aire libre en salto de pértiga (en el 2000 había sido campeona de España en pista cubierta), ganando a la entonces campeona Dana Cervantes. Esa temporada acudió al campeonato de europa en Munich quedando en 10ª posición.

En la temporada 2003 Naroa Agirre siguió mejorando y estableció un nuevo record de España de pértiga, saltando hasta los 4,45 metros. Esa temporada Naroa Aguirre acudió al campeonato del mundo en París, cayendo eliminada en la calificación.

En la temporada 2004 Naroa Agirre continuaba con su progresión saltando hasta los 4′47 metros. Esa temporada además tuvo una excelente actuación en los Juegos Olímpicos de Atenas consiguiendo saltar en la final 4,40 metros en la primera tentativa, lo que le permitió obtener el diploma de finalista olímpica, acabando en 6ª posición.

Tras pasar la temporada 2005 sin conseguir mejorar su marca, Naroa Agirre continua con su progresión y supera la barrera de los 4,50 metros, situándose ya con esa marca entre la élite de la pértiga mundial. Esa temporada consigue ser 7ª en el campeonato del mundo de Goteborg.

En la temporada 2007 realizó una gran temporada de invierno, mejorando hasta en cuatro ocasiones mejorar su record de España de pértiga, hasta dejarlo en 4,56 metros. Desafortunadamente, en el campeonato de Europa de Birmingham cayó eliminada tras rompérsele la pértiga. Sin embargo, durante la primavera y verano, aunque se mantuvo en todas las competiciones a un alto nivel, saltando habitualmente por encima de 4,40 metros, no consiguió realizar un gran salto. En los mundiales de Osaka quedó eliminada en las eliminatorias con 4,50 metros.